Аспірантуру у ВНТУ було відкрито в 1976 році. Докторантуру - в 1988 р. Підготовка магістрів почалась у ВНТУ в 1991 році - вперше в Україні як експеримент, наробки якого в подальшому були використані і використовуються іншими вузами України.

Університет має ефективну систему підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації, яка не має аналогів. Підготовку науково-педагогічних кадрів здійснюють у докторантурі за 3, а в аспірантурі за 23 науковими спеціальностями, функціонують 5 спеціалізованих вчених рад по захисту докторських і кандидатських дисертацій.

Характерною особливістю нової технології підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації є те, що майбутні претенденти на наукові ступені як правило повинні закінчити магістратуру, до якої відбираються лише ті випускники бакалаврату, котрі під час бакалаврської підготовки виявляють хист до наукових досліджень; по-друге, ці претенденти на наукові ступені в магістратурі зобов'язані освоїти методи генерації нових знань, написати та захистити магістерські дисертації, які складають 30%-40% майбутніх кандидатських дисертацій, опублікувати основні результати магістерських робіт і скласти екзамени магістерського мінімуму з філософії, іноземної мови та спеціальності, програми яких відповідають програмам кандидатських іспитів, які їм зараховуються в якості вступних до аспірантури.

Переваги цієї технології перед іншими полягають в тому, що, вступивши до аспірантури, аспіранти не втрачають час на пошук теми і керівника, на ознайомлення з науковими роботами інших авторів в вибраному науковому напрямку, на освоєння методики постановки експериментів та обробки його результатів, на вироблення навичок написання статей та оформлення звітів про наукову роботу - все це вони опановують ще на етапі магістерської підготовки. Реалізує цю технологію створений на базі Департаменту магістерської підготовки та відділу аспірантури Інститут магістратури, аспірантури та докторантури (ІнМАД).

Згідно з концепцією розвитку, прийнятою у 1990 році, були розроблені та затверджені у 1991 році нові експериментальні навчальні плани та програми триступеневої системи підготовки спеціалістів з вищою технічною освітою бакалавр-інженер-магістр. Навчання магістрів було організовано за методикою, розробленою у ВНТУ з урахуванням світового досвіду. Випуск магістрів, що відбувся у ВНТУ, в 1996 році, був першим випуском магістрів в Україні, серед числа тих які усі 5 років навчались за спеціальними навчальними планами.

Для продовження наукового дослідження особливостей магістерської підготовки спеціалістів за триступеневою системою навчання та розробки і впровадження перспективних методик та алгоритмів магістерської підготовки у ВНТУ, в період з 01.04.97 р. по 31.12.99 проводилась НДР за темою "Дослідження особливостей та розробка структури і змісту магістерської підготовки з технічних наук в контексті методології генерації нових знань", результати якої в повному обсязі впроваджено у Вінницькому національному технічному університеті, що суттєво підвищило якість магістерської і пов'язаної з нею аспірантської підготовки.

Для здійснення координації дій створений в 1996 році Департамент координації магістерської підготовки в 1997 році було об`єднано з відділом аспірантури і перейменовано в Департамент магістратури, аспірантури та докторантури (ДМАД).

З метою удосконалення організаційних форм та підвищення ефективності неперервної підготовки наукових кадрів вищої кваліфікації від магістра по спеціальності через перший ступінь кандидата наука аж до другого наукового ступеня доктора наук на базі ДМАД в 2000 році створено Інститут магістратури, аспірантури та докторантури (ІнМАД).